En origen era una parroquia bajo la advocación de San Juan Bautista, para después convertirse en ermita y, ya en el siglo XVIII, convento de frailes franciscanos. Debió ser esta nueva función la que motivara una serie de importantes obras en el edificio que enmascararon –aunque no destruyeron- la práctica totalidad de la fábrica románica. Sólo tras recientes intervenciones se han puesto al descubierto los numerosos elementos románicos que se conservan de la construcción más antigua.
El templo en su configuración actual se compone de cabecera rectangular, crucero, cúpula y nave única, articulada en tres tramos cubiertos por bóveda de arista y separados por arcos de medio punto sobre pilastras.
Entre los vestigios románicos destacan los conservados en el lado sur de la nave, donde se dispone, cegada entre sus muros, la portada original. También es de época románica la cabecera, aunque se destruyó una parte de ella y los inicios de la nave para abrir el crucero, momento en el cual también se recrecieron en altura los muros de la nave. No obstante, aún es posible observar las hileras de canecillos, mutilados en el lado norte, pero bien visibles en el lado meridional. El hastial del templo es igualmente de sillería y también de filiación románica, aunque la espadaña es barroca.
A pesar de las modificaciones, se intuye un edificio medieval de notables dimensiones y buena construcción, sin duda uno de las más importantes testimonios románicos que se conservan en Sayago, lo que pone de manifiesto la importancia de la villa en aquellos tiempos.
Los trabajos en este apartado se centran en la restauración de los dos retablos laterales del templo, dedicados a San Pedro de Alcántara y a la Virgen de la Anunciación. Son de época barroca y están realizados en madera dorada y policromada. El paso del tiempo, la suciedad y la pérdida de policromía hacen evidente el deterioro de ambas piezas, especialmente el retablo de San Pedro de Alcántara, que tendrá que ser desmontado para su restauración.
Tras una primera fase de investigación y análisis exhaustivo de los retablos, los técnicos de la empresa zamorana Rearasa los limpiaron para proceder posteriormente a aplicar diversos métodos de consolidación, tanto del soporte de madera como de las capas pictóricas, además de aplicar los necesarios tratamientos contra hongos e insectos xilófagos. Por último, se reintegraron las pequeñas faltas que presentaban las piezas mediante procedimientos reversibles y discernibles para asegurar una adecuada presentación e interpretación histórico-artística de los retablos.
La intervención en el templo ha abordado la renovación y modernización de la instalación eléctrica, colocando nuevos puntos de luz de tecnología led, que permiten mayor potencia lumínica y menor consumo. Además de ser más eficientes y sostenibles, los nuevos puntos permiten potenciar la iluminación de elementos artísticos destacados, como los retablos o el presbiterio.
El proyecto se completó con la monitorización del santuario. Los técnicos de la Fundación Santa María la Real instalaron el Sistema de Conservación Preventiva MHS y colocaron sensores inalámbricos en lugares estratégicos que permitirán medir, registrar y controlar las condiciones ambientales del edificio (temperatura y humedad) para garantizar su óptima conservación y la de los bienes que alberga. Teniendo en cuenta la restauración de los dos retablos, se instalaron diversos sensores para controlar que no reciban una iluminación excesiva que pueda dañarlos de nuevo.
En este apartado el Plan ha contado con la colaboración del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, a través del programa de ayudas a la innovación tecnológica en el medio rural.